La Asociación se encuentra reglamentada por sus Estatutos vigentes, aprobados el 24 de marzo de 2013 en la Asamblea General Constitutiva realizada en la ciudad de Concepción. El día 15 de julio de 2013 se concede la personalidad jurídica a ANACEM Chile como Corporación de Derecho Privado sin fines de lucro, inscrita con el Nº125.545 y regida por el Título XXXIII del Libro Primero del Código Civil y por la ley 20.500.

Actualmente la Asociación se encuentra conformada por 26 academias o sociedades científicas, agrupadas en cuatro zonales. Por otra parte, cuenta con estrechos lazos con distintas instancias e instituciones relevantes para la formación y la profesión médica.