El proceso de Acreditación, impulsado por ANACEM Chile, tiene como objetivo fundamental el mantenimiento de estándares mínimos de funcionamiento de cada una de las ACEM / SCEM pertenecientes a la Asociación. Todas las ACEM / SCEM deben someterse a este proceso, las cuales son evaluadas en un proceso transparente y normalizado, a través de criterios establecidos con anterioridad y conocidos por todos:

1. Capacidad organizativa: Se refleja en la calidad del evento organizado, la capacidad de gestión de la ACEM/SCEM y la cantidad de público asistente, por lo menos en un evento. Según el Sistema de designación de Veedores, podrá ser evaluado el evento por un delegado escogido al azar según zona geográfica.
2. Asesor académico: Todas las ACEM / SCEM cuentan con un Asesor Académico, quien es el docente universitario que presta consejo y guía a las Academias, en lo que respecta a materias relacionadas con investigación y otras tareas que surjan en el transcurso del desarrollo de las actividades que las ACEM/SCEM realizan. Este ítem es evaluado a través del currículum científico del académico y participación como organizador en las actividades de la ACEM / SCEM que asesora.
3. Participación en ANACEM Chile: Este ítem es evaluado con la participación de delegados y subdelegados en las Asambleas del Cuerpo de Delegados Nacionales de ANACEM Chile, la cual tiene un 100% de obligatoriedad, y en participación de los miembros de la ACEM / SCEM en los proyectos que lleva a cabo ANACEM Chile, como la Revista ANACEM, REM o el Proyecto de personalidad jurídica.
4. Promoción de la investigación: Cada ACEM/SCEM debe realizar actividades y políticas sistemáticas de promoción, inclusión y eventualmente adiestramiento en investigación y Medicina basada en la evidencia, a través de Jornadas Pre-Congreso, o cursos, congresos, jornadas, relacionadas con la investigación científica en medicina.
5. Difusión de la ACEM o SCEM y de ANACEM: Todas las ACEM/SCEM deben difundir a sus socios sobre qué es ANACEM y cuáles son las actividades y proyectos que se realizan, para esto se debe crear una presentación Power Point, la cuál deberá ser presentada a todos los socios.
6. Razón de trabajos publicados: Evaluación a través del número de trabajos presentados en CCNEM, revistas con comité editorial y/o patrocinadas por ANACEM Chile, y en congresos nacionales e internacionales, con el objetivo de velar por la productividad científica de los miembros de cada una de las ACEM/SCEM pertenecientes a ANACEM Chile.
7. Sitio web de la ACEM/SCEM

El proceso de Acreditación se realiza a través de una Comisión Acreditadora, formada por el Fiscal Nacional y cuatro delegados de ACEM/SCEM activas y acreditadas, elegidas al azar en Asamblea. Las ACEM/SCEM que aprueben el proceso de acreditación pasan a formar parte de los Miembros Activos y Acreditados, con derecho a voz, voto y a postular a cargos de la Directiva durante las Asambleas de ANACEM Chile. Además, son la primera preferencia en los diversos proyectos de ANACEM y de sus ACEM o SCEM (REM, Revista ANACEM, Intercambios, CCNEM, Eventos de las ACEM o SCEM). Estos miembros deberán someterse al Proceso de Acreditación cada 2 años.